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 La storia di Abbadia Ardenga è antica e movimentata ed affonda le radici nel profondo Medio Evo. Questo luogo, è stato la sede di un'importante abbazia prima benedettina poi, dal XIII secolo, vallombrosana. L'abbazia fu voluta nell'XI secolo da potenti signori locali, i conti Ardengheschi, in particolare dal conte Ardingo di Ranieri. Dopo diversi secoli passò ad alcuni cardinali che si succedettero nel beneficio fino a quando Pietro Leopoldo passò la Badia e i suoi beni all'opera della cattedrale di Montalcino.La Badia Ardenga quando divenne vallombrosana dipendeva direttamente dalla Badia di Coltibuono nel Chianti. Per secoli gli abati di Coltibuono continuarono a designare quelli dell'Ardenga. 
Dalla Badia Ardenga dipendevano alcune proprietà disposte lungo l'asse di separazione fra la Valdichiana e la Val d'Orcia. La posizione di questa abbazia lungo questo itinerario che non era solo parallelo, ma anche alternativo alla Francigena, permetteva un collegamento tra gli interessi fiorentini con Coltibuono e la Val d'Orcia sulla quale dominava Siena. Il Monastero fu in parte distrutto, secondo il triste destino delle tante località del contado senese nel duro periodo medioevale. Di esso oggi rimane la chiesa ad una navata, quella centrale, ma in origine erano tre, e parte del chiostro. Nella Chiesa romanica, ancora consacrata, intitolata a S. Andrea sono stati ritrovati degli elementi di architettura dell’epoca. 
La navata è divisa dal presbiterio da un arco trionfale sostenuto da due colonne gemine. Il motivo delle colonne gemine potrebbe derivare da Sant'Antimo e risulta di gusto francese. Il ritrovamento di oltre due terzi di un’antica cripta è sicuramente il più importante e sensazionale. Si tratta di una cripta a sette navate con volte a crociera di cui due occupano l’intera larghezza della Chiesa. Nelle volte vi è la presenza di una decorazione costituita da antichi motivi pittorici floreali, forse i soli esistenti in tutta la regione senese. La cripta insieme a quella di San Salvatore al Monte Amiata doveva essere una delle cripte più grandi della Toscana. L'ambiente per l'ampio spazio tra le colonne, per la presenza di sottarchi a sostegno delle volte e per un capitello decorato a carnosi fogliami dovrebbe poter essere coevo alla chiesa superiore di XII secolo. 
Interessante è il campanile a vela trecentesco, le colonne piegate verso l’esterno della chiesa sono il particolare che incuriosisce appena varcato il portone. Testimonianze più antiche sono invece le mensole raffiguranti teste di animali, collocate ad ornamento del semplice portale ( anche questo parla di un rapporto di derivazione da Sant'Antimo ) in travertino e quelle che sorreggono lo stemma sulla facciata della Chiesa. I capitelli che sormontano le colonne che dividevano la navata centrale da quelle laterali sono di tipo lombardo molto semplici nella loro esecuzione.
Provenienti da Abbadia Ardenga e conservati presso la Pinacoteca di Siena sono: il Paliotto romanico il primo dipinto datato, della scuola senese (1215) e le tavolette raffiguranti Storie delle Passione di Cristo, attribuite a Giudo da Siena (1275-1280). L'abbazia fu soppressa nel 1464 dal Pontefice Pio II, per motivi ancora ignoti, mediante emissione di una Bolla nel mentre si trovava a Petriolo per una cura nelle famose acque. Si narra che i frati di allora, prima che il Papa Pio II portasse via i loro averi, nascosero una campana interamente fatta d'oro. I suoi beni furono divisi in tre parti di cui una assegnata alla nuova Abbadia Ardenga e data in commenda alla famiglia Tuti di Siena, le altre due destinate rispettivamente alla costruzione della cattedrale dì Montalcino ed al finanziamento di una crociata. 
La famiglia Tuti esercitò il proprio potere fino al secolo XVII e l'ultimo di cui sia rimasta memoria è l'abate Fulvio Tuti. Estinti i Tuti l'Abbadia passò ai Marsili e nei primi decenni del 1700 al Cardinale Patrizi. Nel 1783 il Granduca Leopoldo I passò tutti i beni rimasti e la giurisdizione sulla Abbadia e sui suoi territori alla Diocesi di Montalcino mentre, più tardi, è stata trasferita sotto la Diocesi di Siena, come parrocchia.